W 2008 roku rozpoczęto w jaskini badania archeologiczne. Prowadził je dr hab. Jarosław Wilczyński z ISEZ PAN we współpracy z dr Michałem Wojenką z Instytutu Archeologii UJ (w pierwszym sezonie badań) przy wsparciu finansowym Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Krakowie. W jaskini znaleziono dowody świadczące o zamieszkiwaniu jej przez ludzi w paleolicie i mezolicie. Jaskinia stała się słynna, gdy w 2010 r. odkryto w niej zęby mleczne 1,5 rocznego dziecka wraz z licznymi ozdobami. Był wśród nich m.in. naszyjnik ze 112 zawieszkami wykonanymi z zębów tura Bos primigenus, żubra pierwotnego Bison priscus lub łosia Alces alces. Ustalono, że dziecko zmarło 27,5 tysiąca lat temu (przyczyny śmierci nie są znane). Zostawione przy ciele dziecka ozdoby pozwalają przypuszczać, że był to pochówek – w takim razie jest to najstarszy znany na ziemiach polskich pochówekJ. Wilczyński, M. Wojenka, P. Wojtal, A. Szczepanek, D. Sobieraj, Human Occupation Of The Borsuka Cave, (Southern Poland) – From Upper Paleolithic to the Post-Mediaeval Period. półrocznik Eurasian Prehistory, 2012, 9 (1-2): 77-91. Przypuszcza się, że dziecko należało to wędrownego plemienia łowców, a pozostawiony przy jego zwłokach najszyjnik był darem któregoś z dorosłych członków plemienia.