Flota okrętów pancernych, w tym „Lissa”, trzymana była w porcie w Puli jako rezerwa; jedynymi okrętami, które brały udział w służbie czynnej, były fregaty parowe wysyłane za granicę.
Oficjalnie jednak „Lissa” przydzielona została do aktywnej eskadry pancerników, gdzie służyła aż do 1887 roku. W nocy z 3 na 4 września 1872 roku zdarzył się wypadek, który mógł mieć poważne konsekwencje. Gdy okręt stał zacumowany w porcie na wyspie Korfu, w pobliżu magazynu prochu wybuchł duży pożar. Załodze udało się jednak ugasić płomienie, zanim dotarły one do prochowni. W 1875 roku okręt otrzymał nowe kotły parowe, a w następnym roku zmodyfikowano jego ożaglowanie. Do 1880 roku kadłub „Lissy” był już poważnie zbutwiały i okręt zabrany został do suchego doku w arsenale w Puli, gdzie zerwano z niego większość pancernych płyt, by wymienić zbutwiałe drewno. Prace zakończono w następnym roku i „Lissa” wróciła do służby. W czasie remontu zmieniono również uzbrojenie okrętu. Zachowano dwanaście armat kal. 229 mm, lecz przestarzałe działa mniejszego kalibru wymieniono na cztery działa kal. 90 mm L/24, dwa działa kal. 70 mm L/15, trzy działa Hotchkiss M1879 kal. 47 mm i dwie kartaczownice kal. 25 mm.