Po rozmowie z chłopcem, Balley zmienił zdanie, gdyż zaimponowała mu religijność chłopca, którego poznał już wcześniej przy okazji jego Pierwszej Komunii oraz jego obeznanie w sprawach wiary.
W ten sposób Viannney zamieszkał w parafii w Ecully, gdzie rozpoczął naukę. Był najstarszym uczniem, a jednocześnie najmniej pojętnym. Okazało się, że nauka francuskiej gramatyki, a zwłaszcza łaciny sprawia mu dużą trudność. Jego młodsi koledzy często się z niego naśmiewali, a on pozostawał za nimi daleko w tyle. Niekiedy nachodził go myśl o rezygnacji z kapłaństwa. Wtedy wsparcie ze strony księdza Balleya, który dostrzegł w nim szczere powołanie, pozwoliło mu przetrwać ciężkie chwile.
Po upływie trzech miesięcy ksiądz Balley przedstawił go w kurii biskupiej jako kandydata do kapłaństwa. W roku Vianney 1812 wstąpił do niższego seminarium duchownego w Verriérs, rozpoczynając obowiązkowe, roczne studia filozoficzneAdam Bujak, Jolanta Sosnowska Ars: Dzieje życia św. Jana Marii Vianneya, wyd. Biały Kruk 2009. Str. 12. Licząc wtedy 26 lat był najstarszym studentem tej uczelni. Nauka filozofii sprawiała mu trudności, ale zdołał ukończyć seminarium. W 1813 roku wstąpił do wyższego seminarium w Lyonie. Nauka odbywała się tam po łacinie, co okazała się ogromnym utrudnieniem, dla Vianneya, który i tak nie najlepiej sobie radził.