Przełożeni, mając na względzie wielkie trudności, jakie miał z nauką radzili, by opuścił seminarium. Pewnego dnia rektor oznajmił mu, że jest zmuszony wydalić go z seminarium z powodu braku postępów w nauceAdam Bujak, Jolanta Sosnowska Ars: Dzieje życia św. Jana Marii Vianneya, wyd. Biały Kruk 2009. Str. 17. Z pomocą przyszedł mu znowu ksiądz Balley, który wstawił się za nim u władz uczelni. Dzięki wsparciu Balleya, a także z powodu dużego brak kapłanów w archidiecezji lyońskiej, wikariusz generalny pozwolił Janowi składać egzaminy nie po łacinie, ale w języku francuskim. Pomyślnie zdane egzaminy pozwoliły Janowi na przyjęcie święceń kapłańskich. 13 sierpnia 1815 w Grenoble Jan Vianney został namaszczony na kapłana. Następnego dnia odprawił pierwszą Mszę Świętą. Po powrocie do Ecully, Charles Balley padł mu do nóg i poprosił o błogosławieństwo.