W tym przypadku kodowanie nie zachowuje układu hierarchicznego, np. Zatoka Pucka ma identyfikator 112909, a Zalew Kamieński – 49553. Włączone są też do nich obszary podmokłe, jak np. bagno Pulwy (112973).
Warstwy shapefile zawierają większą liczbę obiektów, gdyż oprócz cieków i zbiorników, którym nadano identyfikator, zawierają mniejsze, często bezimienne, cieki i zbiorniki.
Cieśniny są tu potraktowane jak cieki, choć mają numery nieparzyste – Świna ma numer 33, a Dziwna 35. W konsekwencji cieki wpadające do Zalewu Kamieńskiego mają numerację jak dopływy Dziwny, np. Świniec o identyfikatorze 3534. Według MPHP odcinkiem ujściowym Wisły jest Przekop Wisły, podczas gdy pozostałe ramiona jej delty mają odrębną numerację, np. Nogat ma identyfikator 52, a Martwa Wisła 48. W konsekwencji takie dopływy Wisły, jak Motława (486) czy Tuja (5146) mają identyfikatory wskazujące na dorzecza inne niż dorzecze Wisły.
Historia Mapy zebrane w atlas „Podział Hydrograficzny Polski” opracowano w latach 70. XX wieku. Miały one skalę 1:100 000.