Trama blaszek regularna lub prawie regularna, o strzępkach cylindrycznych lub lekko nabrzmiałych, szerokości (6–) 12–22 (–30) µm, szklistych, z żółtym błonowym pigmentem (ściana całkowicie żółta). Naskórek kapelusza składa się z rozproszonych, cylindrycznych strzępek o szerokości 4–8 µm, z gruboziarnistym żółto-brązowym do rdzawego pigmentem. Pileocystyd brak. Trzon zbudowany z równoległych, cylindrycznych lub lekko nabrzmiałych, szklistych komórek o szerokości 4–20 µm, o ścianie żółto-brązowej. Naskórek trzonu złożony z równoległych, cylindrycznych strzępek o szerokości 1,5–4 µm, elementy końcowe czasami zakończone główką. W niektórych miejscach występują cylindryczne wyrostki zakończone rzadkimi, baryłkowatymi kaulocystydami z wyraźną główką. We wszystkich strukturach grzyba występują sprzążki. Gatunki podobne Łysak torfowiskowy jest łatwo odróżnialny od innych łysaków, gdyż ma małe owocniki, trzon o jasnym kolorze i występuje na unikalnych dla łysaków siedliskach. Mikroskopowo odróżnia się dużymi zarodnikami o powierzchni grubobrodawkowanej.