Oprócz tego typu komórek występują jeszcze dwa inne ich typy: cylindryczne elementy końcowe z wypukłym wierzchołkiem na wąskiej szyi o grubej i mocno pigmentowanej ścianie, 20–60 × 4–12 µm, wąskie lub szerokie, hialinowe pilocystydy z mniejszym lub większym wierzchołkiem, 25–35 × 7–10 µm, szyja 2–3 µm, wierzchołek 3–5 µm. Naskórek trzonu złożony z rozproszonych, cylindrycznych strzępek o szerokości 4–8 µm, z żółto-brązową ścianą i rdzawobrązowymi inkrustacjami. Licznie występują wąsko cylindryczne, wrzecionowate lub maczugowate kaulocystydy 20–30 × 7–10 µm, tworząc gniazda na powierzchni trzonu (widoczne makroskopowo jako drobne granulki). Gatunki podobne Najważniejsze charakterystyczne cechy gatunkowe łysaka ciemnotrzonowego to pomarańczowo-czerwony odcień kapelusza u młodych owocników, drobno ziarnista do brodawkowato-łuskowatej powierzchnia kapelusza (pod soczewką), jaskrawożółte blaszki, zazwyczaj ciemne trzony z kłaczkowatymi włóknami, duże zarodniki z krążkiem, gruboziarnista powierzchnia zarodników, a w skórce kapelusza nabrzmiałe komórki końcowe (maczugowate, gruszkowate do kulistych z trzonkami) z gruboziarnistą inkrustacją. Taki opis G. picreus jest powszechnie akceptowany przez europejskich mykologów i jest dobrze opisany. Bardzo podobny jest łysak szerokoblaszkowy Gymnopilus liquiritiae (Pers.) P. Karst.