Podobnie jak w przypadku fregaty średniej (F. minor) fregaty małe odmiennych podgatunków różnią się głównie rozmiarami ciała, a ich podział jest wątpliwy. Według Olsona fregata atlantycka (F. ariel trinitatis) jest odrębnym gatunkiem, za czym przemawiać mają różnice w upierzeniu względem fregat małych oraz stosunkowo mocno zbudowane kości skrzydeł oraz dziób. Zdania w South American Classification Committee na temat koncepcji Olsona są podzielone (5 głosów na tak vs 6 głosów na nie).
W języku angielskim fregata mała określana jest jako Lesser Frigatebird lub Least Frigatebird, czyli „fregata mniejsza” lub „najmniejsza”. Może budzić to wątpliwości, jako że nazwę naukową Fregata minor – z łaciny oznaczającą właśnie „mniejszą” fregatę – nosi fregata średnia, w języku angielskim Great Frigatebird: „fregata wielka”. W języku polskim jedna z fregat znana jest jako fregata wielka, F. magnificens, jednak jej nazwa anglojęzyczna Magnificent Frigatebird oznacza „wspaniałą/okazałą fregatę”.
Epitet gatunkowy ariel nawiązuje do ducha Ariela z Burzy Shakespeare’a.