Podgatunki i zasięg występowania IOC wyróżnia następujące podgatunki: F. a. trinitatis Miranda-Ribeiro, 1919 – fregata atlantycka – południowy Ocean Atlantycki – Trindade i Martim Vaz u wybrzeża wschodniej Brazylii; współcześnie jednak krytycznie zagrożone, w 2017 wiadomo było z pewnością o tylko jednej kolonii na wysepce u południowych wybrzeży Trindade. Szczątki kopalne wskazują, że niegdyś ptaki tego podgatunku występowały na Wyspie Świętej Heleny F. a. iredalei Mathews, 1914 – zachodni Ocean Indyjski, między innymi Aldabra, Cosmoledo i północne Malediwy F. a. ariel (G.R. Gray, 1845) – fregata mała – wschodni i centralny Ocean Indyjski, morza Południowo-Wschodniej Azji i północnej Australii po zachodni i centralny Ocean Spokojny; między innymi Wyspy Kokosowe, Wyspa Bożego Narodzenia, Archipelag Bismarcka, Nowa Kaledonia, Fidżi, Markizy, Tonga, Tuamotu. Szczególnie liczne kolonie występują na australijskich wyspach, między innymi Adele Island, Lacepede Islands i Bedout.
Zasięgi występowania fregat: małej i średniej pokrywają się.