Aresztowanie oraz pobyt w więzieniach komunistycznych (1950–1959) mały|Więzienna fotografia Kajpra 14 marca 1950 r., na polecenie ministra sprawiedliwości oraz przewodniczącego urzędu państwowego do spraw kościelnych Alexeje Čepičky’ego, Kajpra aresztowano. Proces zakonników miał pokazać, że Kościół jest niebezpiecznym wrogiem społeczeństwa, któremu trzeba się przeciwstawić. Śledztwo miało także przygotować grunt dla interwencji przeciw wszystkim członkom męskich zgromadzeń zakonnych (tzw. akcja K). Kajpr został wybrany, gdyż był postacią rozpoznawalną w czeskim społeczeństwie oraz często krytykował ideologię i praktyki komunistyczne. Podobnie jak podczas okupacji nazistowskiej został Kajpr aresztowany przez komunistów za „prowokacyjne” artykuły przeciw ludowo-demokratycznemu państwu. Dodatkowo zarzucono mu głoszenie „rewolucjonistycznych” homilii oraz szpiegostwo na rzecz Watykanu. Proces w sprawie Machalka oraz innych zakonników miał miejsce od 31 marca do 5 kwietnia 1950 r. Kajpr przemawiał odważnie i szczerze, lecz w sposób umiarkowany. Został jednak uznany za winnego zdrady stanu i skazany na 12 lat więzienia oraz na dalsze kary.