Na skutek jego działań po powrocie do ojczyzny trzy największe organizacje ze strefy południowej: Wyzwolenie-Pułudnie (lewica), Wolni Strzelcy (lewica) i Walka (prawica) połączyły się we wrześniu 1942 w wierną gen. de Gaulle’owi Tajną Armię (AS). 27 listopada Moulin stworzył Ruch Zjednoczenia Ruchu Oporu (MUR), któremu podporządkowano AS pod względem politycznym. W roku 1943 powołał on do życia Krajową Radę Ruchu Oporu (CNR), która rozszerzyła swą działalność na strefę północną, nawiązując kontakt z tamtejszymi ruchami, m.in. Wyzwolenie-Północ (lewica) i Ci z Wyzwolenia (prawica). Na początku lata nawiązano kontakty z giraudyjską Organizacją Oporu Armii (ORA) a także z FTP. Aresztowanie i śmierć Jeana Moulin’a były dotkliwą stratą dla Ruchu Oporu, nie przeszkodziło ono jednak w zacieśnianiu współpracy między organizacjami.
1 lutego 1944, z inicjatywy Jacques’a Bingen’a, powstały Francuskie Siły Wewnętrzne. Podlegały one Centralnemu Komitetowi Ruchów Oporu (powstały także 1 lutego 1944) i Francuskiemu Komitetowi Wyzwolenia Narodowego (po 3 czerwca Rządowi Tymczasowemu), jednoczyły w sobie wszystkie dotychczas istniejące organizacje Ruchu Oporu.