W 1997 roku Szkoła Zdrowia Publicznego weszła w skład Collegium Medicum UJ, przekształcając się w Instytut Zdrowia Publicznego. Instytut kontynuował misję edukacyjną, oferując studia przeddyplomowe i podyplomowe w dziedzinie zdrowia publicznego, kształcąc przyszłych specjalistów dla systemu opieki zdrowotnej.
Instytut zorganizował wiele konferencji, seminariów i warsztatów dotyczących zdrowia publicznego. Kierunek Zdrowie Publiczne otrzymał wyróżnienie od Państwowej Komisji Akredytacyjnej (uchwała nr 515/ 2011 Prezydium PKA z 10.06.2011 r.), Dyrekcję Instytutu sprawowali specjaliści tacy jak prof. dr hab. Zdzisław Szafran (2001-2002), prof. dr hab. Stanisława Golinowska (2002-2008), prof. dr hab. med. Andrzej Pająk (2008-2012), prof. dr hab. Włodzimierz Cezary Włodarczyk (2012-2016), dr hab. Christoph Sowada, prof. UJ (2012-2020) oraz dr hab. Iwona Kowalska-Bobko, prof. UJ.