Boczniak ostrygowaty może trawić polietylen wystawiony na działanie światła słonecznego. Z powodzeniem uprawiano też boczniaka ostrygowatego na zużytych pieluchach. Grzyby z rodzajów Aspergillus i Penicillium są zdolne trawić garbniki Grzyby z rodzajów Deuteromycota i Trametes mogą rozkładać melanoidynę, odpad po rafinacji cukru.
Uprawa grzybów mikroskopijnych Z grzybów mikroskopijnych pozyskuje się leki i substancje aktywne, takie jak: Lowastatyna (wytwarzana przez Aspergillus terreus) Gryzeofulwina (wytwarzana przez gatunki z rodzaju Penicillium) Pneumokandynę B0, prekursor Kaspofunginy (wytwarzana przez Glarea lozoyensis) Insulinę (produkowaną przez modyfikowane genetycznie drożdże) Prekursory artemizyny
Przemysłowo wykorzystuje się grzyby mikroskopijne do produkcji takich substancji jak: Ryboflawina (Eremothecium gossypii) Erytrytol (Moniliella pollinis, Moniliella megachiliensis, Yarrowia lipolytica)
Grzyby uprawiane na substratach kompostowych Część grzybów jest hodowana na substratach kompostowych. Kompost zawiera bakterie stymulujące produkcję owocników. Często stosuje się obornik.