Alternatywnym modelem pogłębiania integracji jest Europa wielu prędkości, w której państwa gotowe do dalszej współpracy w wybranym obszarze mogą integrować się szybciej, pozostałe zaś wybierają wolniejsze tempo lub pozostają poza daną polityką. Klasyfikację tego modelu w piśmiennictwie zaproponował Alexander Stubb, wyróżniając zróżnicowanie według czasu, przestrzeni i przedmiotu integracji. Aktualnymi przykładami są strefa euro oraz strefa Schengen, do których nie przystąpiły wszystkie państwa członkowskie.
Argumenty za i przeciw Zwolennicy pogłębionej federalizacji wskazują, że jednomyślność i rozproszenie kompetencji uniemożliwiają UE szybkie reagowanie w strefie euro, obronie i polityce zagranicznej. Sergio Fabbrini argumentuje, że strefa euro wymaga przejścia do „unii złożonej” ze wspólnymi instytucjami fiskalnymi, aby uniknąć powtórki kryzysu z lat 2010–2012. Podnoszony jest też efekt skali w handlu, technologii i klimacie oraz zdolność do wspólnej polityki wobec USA, Chin i Rosji.