Upadek klasztoru Upadek klasztoru rozpoczął się w 1525 roku w związku z postępującą reformacją. Zarówno wojny inflanckie (1558–1583), jak i pożar, który spustoszył część gospodarczą klasztoru wiosną 1574 roku, doprowadziły do zniszczenia starego klasztoru Pirita. W pierwszych latach wojny inflanckiej Rada Miejska Tallinna dyskutowała o rozbiórce klasztoru ze względów strategicznych, ale idee rozbiórki nie zostały zrealizowane z powodu sprzeciwu rycerstwa. W 1577 roku klasztor został zaatakowany przez wojska rosyjskiego cara Iwana IV Groźnego, które zrabowały i podpaliły zabudowania konwentu podczas oblężenia Tallinna. Od tego czasu pozostaje on w ruinie. Przez długi czas okolica klasztoru była wykorzystywana przez lokalnych mieszkańców jako cmentarz.
Nowy klasztor thumb|Nowe sanktuarium, Tallinn Po odzyskaniu przez Estonię niepodległości w 1991 roku matka Tekla Famiglietti, stojąca na czele Zakonu Najświętszego Zbawiciela (św. Brygidy), wysłała do rządu estońskiego list z pytaniem o ruiny klasztoru Pirita.