Przeciwnie do przeświadczenia ortodoksyjnego uważał, że Żydzi wytrwali jako naród dzięki jedności, a nie Torze. Judaizm był traktowany przez niego jako zbiór uniwersalistycznych idei, moralności i etyki. W jego myśli przejawiał się mesjanizm, który skutkował przekonaniem, iż do odnowy świata dojedzie wtedy, kiedy Żydzi powrócą do swojej ojczyzny. Zatem odrodzenie państwa żydowskiego było nie tylko politycznym, ale także boskim założeniem. Wobec tego, misją syjonizmu było odrodzenie państwowości. Interpretował historię żydowską jako ciąg zdarzeń mających ustanowić niezależność narodu. Na jego retorykę silnie wpłynęło powstanie arabskie w latach 1936–1939. Uważał je nie tylko za konflikt, ale za wysiłek w obronie całego narodu i ojczyzny. To, co działo się w Jiszuwie w latach 30. XX wieku, porównał do walki Żydów z Imperium Rzymskim.

16 lutego 1949 roku był kandydatem Herutu na pierwszego prezydenta Izraela. Jego przeciwnikiem był Chaim Weizman. Głosowało 114 członków Knesetu, Klausner otrzymał 15 głosów, a kandydat Mapai 83 (15 posłów nie poparło żadnego kandydata, a jeden głos był nieważny).