Powstała sekcja futsalowa.
W 2003 zespół piłkarski startował w Amatorskiej Lidze Ukrainy, gdzie zajął 6.miejsce wśród ponad 40 zespołów.
W sezonie 2005/06 zespół futsalu startował w profesjonalnych rozgrywkach Drugiej Ligi, zajmując 1.miejsce w grupie zachodniej. W następnym sezonie 2006/07 debiutował w Pierwszej Lidze, zajmując 4.miejsce w grupie zachodniej. W sezonie 2007/08 po zajęciu trzeciego miejsca w grupie zachodniej zakwalifikował się do turnieju finałowego, gdzie był trzecim. W następnym sezonie 2008/09 po zmianie nazwy na Merkurij Czerniowce uplasował się na czwartej pozycji i nie zakwalifikował się do turnieju finałowego. Dopiero w sezonie 2010/11 ponownie zajął trzecie miejsce. W następnym sezonie 2011/12 osiągnął swój największy sukces - najpierw zwyciężył w grupie A, a potem w turnieju finałowym zdobył mistrzostwo pierwszej ligiСтраницы истории футзала в Украине (Владимир Братусь) / Проза.ру. Jednak z przyczyn finansowych klub zrezygnował z awansu do Wyższej Ligi. Sezon 2012/13 ponownie zakończył jako triumfator w grupie A pierwszej ligi, jednak zrezygnował z turnieju finałowego"Меркурій" відмовився від участі в плей-оф » Новини Чернівці: Інформаційний портал «Молодий буковинець».