W parku znajduje się ponad 320 jezior i płytkich zbiorników, z których największym jest jezioro Cubillín o powierzchni 5,25 km².

lewo|mały|Jeziora w parku Chociaż park znajduje się w tropikach, na południe od równika, ze względu na wysokogórski krajobraz spotykamy tu subtropikalne i umiarkowane strefy klimatyczne. We wschodniej części parku jest więcej opadów atmosferycznych, ponieważ powietrze pochodzące z Niziny Amazonki jest schładzane, gdy przepływa wzdłuż gór. Po północnej nawietrznej strony parku średnie roczne opady wynoszą około 4827 mm, a w południowej części tej strony – około 2414 mm. Po drugiej stronie zawietrznej parku, ze względu na efekt cienia opadowego spowodowanego przez Andy, spada stosunkowo niewielka ilość opadów, osiągając średnio 700 mm rocznie. W tej części pora sucha zwykle rozpoczyna się w lipcu – sierpniu, a pora deszczowa to okres od lutego do kwietnia. Temperatura w parku jest dość stała w ciągu roku, ale występują różnice dobowe, wynoszące około 10° C pomiędzy temperaturami dziennymi i nocnymi. Śnieg pada na wysokości ponad 4800 metrów nad poziomem morza, gdzie temperatura nigdy nie wzrasta powyżej zera.