Kres istnieniu Kongregacji przyniosły rozbiory. W 1772 odpadło opactwo tynieckie, które znalazło się w zaborze austriackim. Ostatecznie po III rozbiorze klasztory znalazły się w trzech państwach, co uniemożliwiło ich współpracę. Pod zaborem rosyjskim wznowiono kongregację zrzeszającą klasztory benedyktyńskie, cysterskie i kartuskie, działającą do ich kasat.
Klasztory mały|500px|Klasztory Kongregacji Świętego Krzyża, na tle granic Rzeczypospolitej Obojga Narodów z 1619 Finalnie do Kongregacji włączono wszystkie 9 istniejących wówczas męskich klasztorów benedyktyńskich na ziemiach polskich. Zostały one skasowane w ciągu XIX w.
Horodyszcze – ufundowany w 1659, skasowany w 1864 Lubiń – ufundowany ok. 1077, skasowany w 1836 Mogilno – ufundowany ok. 1065, skasowany w 1833 Nieśwież – ufundowany w 1673, skasowany w 1864 Płock – ufundowany ok. 1160, w 1781 przeniesiony do Pułtuska, tamtejszy klasztor skasowany w 1864 Sieciechów – ufundowany ok. 1150, skasowany w 1819 Święty Krzyż – ufundowany ok. 1136, skasowany w 1819 Troki – ufundowany w 1405, skasowany w 1842 Tyniec – ufundowany ok.