Aby ograniczyć szkodliwą dla opactw działalność komendatariuszy, podejmowały one rozmaite działania, które jednak nie były skuteczne. Wybór na stanowisko opata świętokrzyskiego Stanisława Krystyna Mireckiego, który objął je wbrew nominacji królewskiej, doprowadził do wieloletniego konfliktu. Przyczyniło się to bezpośrednio do podjęcia przez tamtejszy klasztor kroków w celu zawiązania kongregacji zrzeszające polskie klasztory benedyktyńskie. Dążenia te wzmacniała tradycja o ufundowaniu konwentu przez opactwo Monte Cassino.
Na prośbę opata Mireckiego, papież Klemens XI 22 maja 1709, w breve Ex iniuncto połączył działające w Rzeczypospolitej męskie klasztory benedyktyńskie w kongregację pod wezwaniem Świętego Krzyża. Przystąpiły do niej początkowo opactwa na Świętym Krzyżu, w Mogilnie, Sieciechowie, Płocku i Trokach. Klasztory w Horodyszczach i Nieświeżu dołączyły rok później, po uzyskaniu od klasztoru macierzystego zwolnienia z członkostwa w kongregacji kasyneńskiej. Z powodu konfliktów między konwentami, opactwa w Tyńcu i Lubiniu połączyły się z Kongregacją odpowiednio w 1736 i 1740. Ostatecznie kwestię opatów komendatariuszy uregulował konkordat wschowski z 1737, który nadał im jedynie część dochodów z określonych opactw, bez prawa ingerencji w życie klasztorne.