Taksonomia Po raz pierwszy gatunek formalnie opisał Robert Jameson w 1835 na łamach „Edinburgh New Philosophical Journal”. Holotyp pochodził z okolic rzeki Murray w Nowej Południowej Walii. Autor nadał nowemu gatunkowi nazwę Ibis spinicollis. Wcześniej w 1824 ibisa żółtoszyjego opisał John Latham, jednak nie nadał mu nazwy naukowej i zostawił jedynie zwyczajową, „New-Holland Ibis” (współcześnie niestosowaną). Charakterystykę oparł na dwóch okazach: samcu z kolekcji Williama Bullocka i samicy ze zbiorów H. Brogdena.
Obecnie (2019) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny umieszcza ibisa żółtoszyjego w rodzaju Threskiornis. Nie wyróżnia podgatunków, podobnie jak autorzy HBW. Gregory Macalister Mathews opisał w 1912 podgatunek T. s. fitzroi, którego przedstawicieli wyróżniać miały mniejsze rozmiary ciała. U ibisów żółtoszyich zróżnicowanie w wielkości ciała występuje jednak w zależności od płci ptaka, nie zaś rejonu występowania. Holotyp tego nieuznawanego podgatunku przechowywany jest w Amerykańskim Muzeum Historii Naturalnej (Nowy Jork) AMNH531116. James Greenway odnotował, że Mathews wspomniał o krótszym skrzydle u ptaka tego podgatunku, jednak nie wspomniał o pierzeniu, które wówczas przechodził.