Bywa umieszczany w monotypowym rodzaju Carphibis, opisanym przez Reichenbacha w 1853. Główną cechą różniącą ibisa żółtoszyjego od pozostałych Threskiornis jest brak ozdobnych piór wyrastających z okolic lotek II rzędu. David Holyoak wymienił ich jeszcze kilka, lecz uznał za niewystarczająco znaczące, by pozwolić wyodrębnić ibisa żółtoszyjego. W 1970 zasugerował włączenie go do Threskiornis. W listopadzie 2016 obserwowano w dorzeczu rzeki Lachlan (Nowa Południowa Walia) młodocianego osobnika z cechami mieszanymi ibisa czarnopiórego (T. molucca) i żółtoszyjego. Choć donoszono o hybrydyzacji w niewoli, to na wolności tylko raz odnotowano wcześniej potencjalnego mieszańca, w 1983. W przeciwieństwie do obserwacji z 2016 nie udokumentowano jej jednak zdjęciami, więc brak pewności co do gatunku ptaka. Miał on czarny ogon nieobecny u żadnego z dwóch ibisów, więc mógł to być okaz z aberracjami barwnymi, nie mieszaniec.
Epitet gatunkowy spinicollis pochodzi z łaciny;