Odzyskał wolność dopiero w 1073, podczas powstania możnych saskich przeciwko królowi, gdy został wymieniony na królewską załogę zdobytego wcześniej przez jego stryja Hermana zamku w Lüneburgu. Magnus pozostał przeciwnikiem Henryka IV i w 1075 wziął udział w bitwie pod Homburgiem nad Unstrutą, w której możni sascy zostali pokonani. W październiku tego roku wraz z innymi przywódcami opozycji Magnus poddał się królowi i został uwięziony. Odzyskał wolność w pierwszej połowie 1076, gdy dotychczasowi stronnicy króla zaczęli od niego odstępować po jego ekskomunice i zwolnili saskich więźniów. Nadal uczestniczył w działaniach opozycji saskiej, wsparł wybranego przez nią antykróla Rudolfa z Rheinfelden. W 1078 wziął udział w bitwie pod Mellrichstadt, gdzie jego stryj Herman został wzięty w niewolę, a sam ledwo uszedł z pola walki.
Po tym wydarzeniu brak świadectw na aktywne uczestnictwo Magnusa w opozycji przeciwko Henrykowi IV, a z czasem doszło do porozumienia między Magnusem i Henrykiem i ten pierwszy (wraz ze stryjem Hermanem) znalazł się w obozie lojalnym wobec władcy. Podjął wówczas z powodzeniem walkę przeciwko Słowianom, m.in.