Wczesne lata Eli Rubenstein urodził się w Toronto. Jego rodzice to Esther z domu Greenblatt i Isadore Rubensteinowie. Ojciec, urodzony w Kanadzie, był synem polskich imigrantów z Tarłowa i Ożarowa. Matka urodziła się w Szatmárcseke, wiosce na wschodzie Węgier, lecz emigrowała z rodziną do Stanów Zjednoczonych w 1941 roku, tuż zanim nazistowskie Niemcy zamknęły granice. Jest kuzynem Specjalnego Przedstawiciela Stanów Zjednoczonych ds. Negocjacji Międzynarodowych i jednocześnie głównego doradcy prawnego Donalda Trumpa, Jasona Greenblatta, jak również kuzynem aktywisty antywojennego Roberta Greenblatta.
Edukacja Rubenstein uczęszczał do torontońskich szkół Eitz Chaim School oraz Yeshivas Ner Yisroel of Toronto, jak również do Yeshiva Telshe Yeshiva w Cleveland w USA i do Bais Hatalmud w Jerozolimie w Izraelu. Uzyskał dyplom z zakresu nauk humanistycznych Uniwersytetu York w Toronto, studiował też w Instytucie Jad Waszem w Jerozolimie, w Izraelu, na Uniwersytecie Judaizmu w Los Angeles, w Kalifornii, oraz w International Institute for Secular Humanistic Judaism w Farmington Hills, w Michigan, w USA.