Kongregacja Habonim Rubenstein pełni funkcję przywódcy religijnego Kongregacji Habonim w Toronto od 1988 roku, gdzie zastąpił rabina Allena Veanera, który z kolei był następcą rabina Reubena Slonima. To pierwsza synagoga w Kanadzie założona przez Ocalałych z Holocaustu. Rubenstein wraz z Esther Ghan Firestone założyli Młodzieżowy Chór Habonim, którego nagrania Lay Down Your Arms, Eli, Eli, Zog nit keyn mol i inne utwory zostały użyte w kilku filmach.
Zainicjował programy partnerskie z wieloma organizacjami, między innymi z Ve’ahavta (w ramach dorocznego Sederu Paschalnego dla Bezdomnych), Centrum Edukacji o Holokauście Sary i Chaima Neubergerów, Free the Children, Konsulatem Polski, Marszem Żywych, Toronto Partnership Minyan i innymi organizacjami.
Marsz Żywych thumb|Eli Rubenstein przy ruinach synagogi w Tarłowie - 14 września 2011 roku
Eli Rubenstein jest związany z Marszem Żywych od momentu jego powstania w Kanadzie w roku 1988. To coroczny program edukacyjny, który gromadzi w Polsce i Izraelu tysiące młodych ludzi chcących uczcić Dzień Pamięci o Ofiarach Holokaustu i Dzień Niepodległości Izraela.