Wśród badaczy Zagłady nie ma pełnej zgody co do miejsca, w którym zgładzono olkuskich Żydów. United States Holocaust Memorial Museum podawało, że zostali oni wywiezieni do obozu zagłady w Bełżcu. Podobnego zdania był również badacz historii tego obozu, Robin O’Neil. W rezultacie Olkusz jest jednym z miast, które upamiętniono w Muzeum – Miejscu Pamięci w Bełżcu. Zdaniem Krzysztofa Kocjana, autora pierwszej monografii poświęconej olkuskiemu gettu, jest jednak mało prawdopodobnym, iż olkuscy Żydzi zostali zgładzeni w komorach gazowych Bełżca. Wskazuje on w tym kontekście na oddalenie obozu od Olkusza oraz na fakt, że do Bełżca nigdy nie kierowano transportów z ziem polskich wcielonych do Rzeszy. Kocjan i Ireneusz Cieślik stoją na stanowisku, że transporty z Olkusza skierowano do obozu zagłady Auschwitz II – Birkenau. Adam Cyra uważa to za prawdopodobne, podkreślając jednocześnie, iż zachowana dokumentacja poobozowa nie zawiera żadnych informacji na temat zgładzenia olkuskich Żydów w Auschwitz-Birkenau. Informacja o wywiezieniu olkuskich Żydów do tego obozu widnieje ponadto w publikacji Encyclopedia of Camps and Ghettos wydanej przez USHMM w 2012 roku. Żydzi z Olkusza prawdopodobnie zginęli w tzw. czerwonym domku, pierwszej prowizorycznej komorze gazowej w Birkenau.