Pozostałych Żydów odprowadzono do nieukończonego gmachu kasy chorych przy ul. Mickiewicza (ob. siedziba starostwa powiatowego). Tam przez dwa dni przetrzymywano ich bez wody i żywności. W czasie wysiedlenia niektórzy Żydzi usiłowali się ukryć w rozmaitych kryjówkach na terenie getta; jeżeli zostali schwytani, kierowano ich do kasy chorych bez względu na fakt, czy byli zdolni do pracy. 13 czerwca do gmachu przy ul. Mickiewicza doprowadzono jeszcze Żydów z okolicznych miasteczek i wsi. Zostali oni zgromadzeni na przyległym do budynku placu. Tego samego dnia ze stacji kolejowej w Olkuszu odszedł pierwszy transport do obozu zagłady. Drugi, a zarazem ostatni transport odprawiono 15 czerwca, znaleźli się w nim między innymi pacjenci żydowskiego szpitala. Łącznie na śmierć w komorach gazowych wywieziono około 3 tys. Żydów. Do jednego z transportów dołączono także Polaka – umysłowo chorego Leopolda Jarno.
Dobytek pożydowski Niemcy sprzedali – lepsze rzeczy reichsdeutschom i volksdeutschom, a gorsze Polakom. Po likwidacji getta pozostało w Olkuszu jeszcze od 10 do 20 Żydów. Byli to pracownicy fabryki waliz. Przetrzymywano ich w przyfabrycznym budynku, którego nie mieli prawa opuszczać. Wszyscy zostali wywiezieni do obozów w lipcu 1943 roku.