Inkwizytorzy niemal natychmiast przystąpili do pracy. Według przekazów kronikarskich (których wiarygodność jest obecnie podważana przez część historyków) na przełomie 1480/81 miano wykryć spisek na życie inkwizytorów, zorganizowany jakoby przez Diego de Susana, bogatego marrana. Domniemanych spiskowców schwytano i 6 lutego 1481 odbyło się pierwsze auto da fe, w wyniku którego sześć osób spalono na stosie. W przeciągu kilku następnych tygodni odbyły się dalsze egzekucje. Po wybuchu epidemii dżumy w tym samym roku inkwizytorzy otrzymali kwatery w zamku Triana i do roku 1488, wedle zapisów kronikarskich, skazali na śmierć kilkuset marranów. W 1483 inkwizytorzy Sewilli, chcąc ograniczyć kontakty marranów z ortodoksyjnymi żydami, wydali dekret o wygnaniu tych drugich z całej Andaluzji.
Skala represji i ich dotkliwość (liczne wyroki śmierci, wykluczenie skazańców i ich potomków z pełnienia urzędów publicznych) skłoniła jednak monarchów i inkwizycję do złagodzenia polityki. W latach 1494–1496 ponad 6 tys. marranów uzyskało formalne przebaczenie przeszłych win (własnych lub ich rodziców) i zwolnienie z wszelkich sankcji związanych ze skazaniem. Nie oznaczało to jednak końca represji wobec marranów.