Jednakże względy polityczne i podpisane przez Hiszpanię traktaty z tymi krajami zmusiły inkwizycję hiszpańską do odstąpienia od prześladowania zagranicznych kupców, o ile tylko zachowywali się dyskretnie w sprawach wiary.
Począwszy od drugiej dekady XVII wieku zaznacza się wyraźny spadek aktywności kanaryjskiego trybunału. Po 1640 zaniechano przeprowadzania wizytacji w terenie, a kryzys finansowy wymuszał systematyczną redukcję personelu pomocniczego. W 1654 inkwizytorzy kanaryjscy przygotowali memoriał popierający zezwolenie na bezpośredni handel Wysp Kanaryjskich z Ameryką, co postrzegali jako remedium na upadek gospodarczy archipelagu i szanse na zwiększenie dochodów trybunału. Działalność inkwizycyjna skoncentrowana była na zwalczaniu pomniejszych występków przeciwko wierze i moralności, takich jak bigamia, nieortodoksyjne opinie, handel i posiadanie zakazanych ksiąg czy magia i przesądy. Nadal jednak zdarzały się poważniejsze sprawy, np. trybunał kanaryjski przeprowadził pierwszy w dziejach hiszpańskiej inkwizycji proces przeciwko członkowi masonerii (1739-1742);