Wynikiem transformcji Fouriera interferogramu otrzymanego dla pomiaru referencyjnego są dwie wielkości: amplituda odniesienia oraz faza odniesienia
Normalizacja widma nano-FTIR dokonywana jest na podstawie odniesienia sygnałów amplitudy oraz fazy badanego materiału do sygnałów referencyjnych i wyrażona są w postaci: oraz
Źródła promieniowania Dostępne komercyjnie spektrometry nano-FTIR wyposażone są w szerokopasmowe źródła promieniowania laserowego, które generują światło podczerwone w oparciu o optykę nieliniową (różnicową generację częstotliwości – DFG) w zakresie tzw. molekularnego odcisku palca, 700–2200 cm−1 i 2500 – 4000 cm−1, o łącznej mocy około 1 mW. Możliwe jest również wykorzystanie źródeł promieniowania termicznego oraz lamp łukowych, stosowanych w klasycznych układach do spektroskopii w podczerwieni, jednak z uwagi na niewielką moc optyczną (rzędu pikowatów) oraz rozwój technik laserowych, nie znalazły one powszechnego zastosowania.
Istotnym przełomem w rozwoju techniki nano-FTIR było wykorzystanie promieniowania synchrotronowego, które umożliwiło wykonywanie badań w znacznie szerszym zakresie spektralnym.