Niesklasyfikowany język tambora, używany na wyspie Sumbawa do momentu wybuchu wulkanu Tambora, również mógł być przedstawicielem hipotetycznej przedaustronezyjskiej grupy języków; w dodatku pewne ślady papuaskiego substratu językowego – lub przynajmniej cechy nieaustronezyjskie – są widoczne w różnych językach Małych Wysp Sundajskich (Flores, Timor, Sumba) i Moluków.
We wschodniej części Indonezji obok języków lokalnych funkcjonuje szereg języków kreolskich czy też pochodnych języka malajskiego, które służą jako lingua franca w poszczególnych prowincjach. Niektóre spośród tych języków bądź dialektów przyjmują się jako języki ojczyste, wypierając tradycyjne języki etniczne. Należą do nich: malajski papuaski, malajski Moluków Północnych, malajski amboński, malajski Kupangu, malajski miasta Manado. Przypuszczalnie większość z nich wywodzi się z historycznej odmiany języka malajskiego (), która wykształciła się w północnej części Moluków lub na wyspach Banda, wraz z rozwojem handlu korzennego w tej części archipelagu (dzielą bowiem szereg cech niespotykanych w zachodnich dialektach malajskich).