Jako że pojęcie „języków papuaskich” łączy języki o nieokreślonych wzajemnych powiązaniach, niedające się sklasyfikować jako austronezyjskie, czasami spotyka się równoznaczny termin „języki nieaustronezyjskie”.
Największa spośród grup języków papuaskich to języki transnowogwinejskie, do których należy ok. 150 języków używanych w granicach Indonezji oraz wiele innych obecnych w sąsiedniej Papui-Nowej Gwinei. Pomimo ogromnej liczebności języków papuaskich (Nowa Gwinea i pobliskie wyspy są najbardziej zróżnicowanym językowo zakątkiem świata) szacuje się, że ich użytkownicy nie sięgają jednego procenta całkowitej ludności kraju. Społeczności posługujące się językami papuaskimi to przeważnie mało liczne grupy ludności. Fakty archeologiczne w połączeniu z wiedzą lingwistyczną sugerują, że pierwotnie języki papuaskie miały znacznie szerszy zasięg geograficzny, obejmując obszar dalej na zachód. Spośród peryferyjnych rodzin języków papuaskich (spoza regionu Papui Zachodniej) zachowały się wyłącznie języki timor-alor-pantar oraz języki północnohalmaherskie, które mogą stanowić kontynuację stanu sprzed ekspansji ludności austronezyjskiej (choć nie można wykluczyć, że zostały przyniesione wskutek późniejszej migracji na tereny austronezyjskie).