Austronezyjskie języki Indonezji są zróżnicowane pod względem genealogicznym. Języki szeroko pojętej zachodniej Indonezji – od Sumatry i Jawy aż po peryferyjny Celebes i zachodnią część Sumbawy – należą do tradycyjnej grupy języków malajsko-polinezyjskich zachodnich. Z kolei grupę centralną reprezentują języki Małych Wysp Sundajskich (poczynając od wschodniej Sumbawy) oraz języki centralnych i południowych Moluków. Do języków malajsko-polinezyjskich wschodnich należą austronezyjskie języki północnych Moluków (języki południowohalmaherskie) i rejonu Nowej Gwinei (w tym języki zatoki Cenderawasih i języki Raja Ampat). W niektórych zakątkach Indonezji wschodniej występują tzw. języki papuaskie. Języki papuaskie, w odróżnieniu od austronezyjskich, nie stanowią jednej rodziny językowej, tworząc konwencjonalną grupę geograficzną (o charakterze niegenetycznym). Obszar użytkowania tych języków koncentruje się prowincjach papuaskich (na Nowej Gwinei i okolicznych terenach), ale swoim zasięgiem geograficznym obejmują także Moluki Północne (północna Halmahera i pobliskie mniejsze wyspy) oraz Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie (wyspy Alor i Pantar oraz Timor).