29 września 1917 roku U-Boot przebywał nieopodal Lerwick, kiedy został zaskoczony na powierzchni przez brytyjskie jednostki nawodne. Dowódca rozkazał zanurzyć okręt, jednak na skutek awarii urządzeń opadł on na głębokość 95 metrów, co spowodowało przecieki i zalanie baterii akumulatorów. W tej sytuacji por. mar. Horst Rühle von Lilienstern zarządził alarmowe wynurzenie, a następnie, po opuszczeniu jednostki przez większość załogi, wydał rozkaz samozatopienia poprzez odpalenie ładunków wybuchowych i otwarcie zaworów. Na okręcie, który zatonął o godzinie 14:15 na pozycji , śmierć poniosło 11 osób, w tym dowódca i szef maszynowni (18 marynarzy zostało uratowanych i trafiło do niewoli).
Podsumowanie działalności bojowej SM UC-55 odbył sześć misji bojowych, w wyniku których zatonęło dziewięć statków o łącznej pojemności BRT, a dwa statki o łącznej pojemności BRT i niszczyciel o wyporności 440 ton zostały uszkodzone. Na pokładach zatopionych i uszkodzonych jednostek zginęły co najmniej 103 osoby, w tym 64 na brytyjskim parowcu „Clan Murray”.