Po minięciu semafora nastąpiła automatyczna zmiana wyświetlanego sygnału na S1 Stój, maszynista wyłączył pobór mocy z sieci jezdnej i następnie uruchomił hamowanie służbowe – celem zmniejszenia prędkości pociągu do 60 km/h w rejonie wyjazdu ze stacji Reptowo.
Prędkość pociągu zmalała do 116 km/h. W momencie przejazdu szóstego wagonu w składzie pociągu „Barbakan” przez rozjazd nr 23 nastąpiła zmiana położenia zwrotnicy tego rozjazdu w ten sposób, że pierwszy wózek wagonu został skierowany zgodnie z pierwotnym jej położeniem na tor nr 2, a drugi wózek został skierowany na tor nr 4.
Wagony od siódmego do jedenastego również zostały skierowane na tor nr 4, podążając tam za wagonem szóstym. Sytuacja taka określana jest jako jazda dwutorowa pociągu i w konsekwencji prowadzi do wykolejenia wagonu. Ze względu na dużą prędkość, przy której nastąpiła jazda dwutorowa, przebieg wykolejania był raptowny, a jego dynamika spowodowała rozerwanie sprzęgu śrubowego pomiędzy szóstym i siódmym wagonem.