Przejazd przez stację został przygotowany torem stacyjnym nr 2, poprzez właściwe nastawienie zwrotnic rozjazdów wchodzących w drogę przebiegu, sprawdzenie prawidłowości położenia drogi i wyświetlenie sygnałów na semaforach – w kolejności: sygnału zezwalającego S2 Jazda z najwyższą dozwoloną szybkością na semaforze wyjazdowym N1/2 ze stacji w kierunku Stargardu, a następnie również sygnału S2 na semaforze wjazdowym E1/2.
Dozwolona prędkość przejazdu przez stację Reptowo dla pociągu pospiesznego „Barbakan” wynosiła 120 km/h, ale w rozjeździe nr 3 obowiązywało ograniczenie prędkości do 60 km/h. Maszynista pociągu „Barbakan” został uprzedzony o tym fakcie i o konieczności ograniczenia prędkości pociągu wydanym na stacji Szczecin Główny rozkazem szczególnym „O”.
Po przygotowaniu przebiegu bez zatrzymania dla pociągu „Barbakan” dyżurna ruchu przystąpiła do jego obserwacji i nadzoru oraz przygotowała się do obserwowania przejeżdżającego pociągu.
Wypadek Pociąg pospieszny „Barbakan” przejechał obok wskazującego sygnał zezwalający na jazdę semafora wjazdowego do stacji Reptowo z prędkością rozkładową, tj. 120 km/h.