Natomiast 7 lipca 1913 roku został mianowany ministrem wojny w stopniu generała porucznika
We wrześniu 1914 roku Helmuth von Moltke został przez cesarza zdymisjonowany z funkcji szefa sztabu generalnego. Wówczas Falkenhayna mianowano na to stanowisko.
W dniu 20 stycznia 1915 roku został odwołany ze stanowiska ministra wojny. Uznając front zachodni za najważniejszy, nowy wódz naczelny podjął wkrótce kolejną próbę rozstrzygnięcia wojny na Zachodzie, usiłując odciąć Anglików i Francuzów od dostępu do morza („wyścig ku morzu”). Próba ta nie powiodła się, więc Falkenhayn przyjął strategię powstrzymywania przeciwnika na froncie zachodnim i prowadzenia aktywnych działań na innych frontach, głównie na wschodnim, przez co zamierzał zmusić Rosję do przyjęcia odrębnego pokoju. W 1915 przygotował zwycięskie ofensywy na froncie wschodnim oraz doprowadził do zajęcia Serbii. Znalazł się jednak w konflikcie z naczelnym dowództwem amii niemieckiej na froncie wschodnim – feldmarszałkiem Hindenburgiem i gen. Ludendorffem, ponieważ sprzeciwiał się skierowaniu całego wysiłku przeciw Rosji. Nie wierzył bowiem w możliwość odniesienia pełnego zwycięstwa nad tym państwem i obawiał się osłabienia frontu zachodniego.