Na końcu każdego przejścia znajdują się zamknięte drzwi, których otwarcie wymaga skompletowania wszystkich klejnotów z poprzednich poziomów. Za drzwiami czeka na Wario strażnik, którego trzeba pokonać w wyznaczonym czasie. Czas, w jakim pokona się przeciwnika ma wpływ na zakończenie gry (im dłużej trwa walka, tym więcej skrzyń ze skarbem zostanie utraconych).
W każdym z przejść znajduje się również pokój z minigrami, w nich można wydać zebrane pieniądze, aby zagrać w jedną z 3 dostępnych gier. Za dobre wyniki otrzymuje się medale, które następnie można wydać w sklepie przed walką z bossem, aby ją ułatwić.
W przeciwieństwie do Wario Land 2 i 3, Wario nie jest już niezniszczalny i ma ograniczony limit zdrowia. Po utracie wszystkich serduszek, Wario zostaje wyrzucony z poziomu i traci wszystkie skarby, które w nim zebrał. Niektóre ataki przeciwników potrafią zmienić formę Wario (uderzenie młotem zamieni go w skaczącą wyżej sprężynę, a ogień w płonącego Wario potrafiącego zniszczyć specjalne bloki i pokonać przeciwników jednym trafieniem), co umożliwia dotarcie do wcześniej niedostępnych lokacji. Ataki transformujące Wario nie zadają obrażeń, a jedynie zmieniają sterowanie.