Nie odbył szkolenia u żadnego mistrza chirurgii, jednak jako samouk wkrótce nauczył się wykonywać operacje o coraz większym stopniu trudności, a także znalazł czas na śledzenie literatury medycznej.
W 1877 r. dowiedziawszy się o wolnym miejscu ordynatora oddziału chirurgicznego w Szpitalu Spółki Brackiej na Górnym Śląsku, złożył aplikację, został przyjęty i przeprowadził się do Königshütte (a właściwie do samodzielnej wtedy jeszcze sąsiedniej miejscowości Neu-Heiduk), gdzie pozostał do końca życia. Podczas gdy Ernst von Bergmann w 1882 r. został profesorem chirurgii w Berlinie, uznanym za jednego z wielkich chirurgów Europy, Wagner zrezygnował z kariery naukowej i poświęcił swoje życie pomocy ludziom w tym regionie przemysłowym. Rozwinął swój oddział do 150 łóżek.
W 1889 r. jako praktyk został pionierem nowoczesnej kraniotomii, zaproponował tymczasowe otwarcie czaszki, uniesienie pojedynczego kawałka kości za pomocą dłuta i młotka. Płat kostny pozostawał przymocowany do miękkich tkanek okołośrodkowych, aby zachować żywotność po wymianie kości pod koniec zabiegu wewnątrzczaszkowego.