W trakcie przebywania w Bazie Matce gracze mają możliwość odsłuchiwania nagrań na swoim Walkmanie. Daje im to szansę lepszego zrozumienia historii przedstawionej w grze.
Operacje zewnętrzne Operacje zewnętrzne polegają na wysyłaniu z bazy głównej jednostek podstawowych i przechwyconych pojazdów wroga w celu walki z wrogimi siłami oraz zdobycia surowców potrzebnych do rozwoju bazy.
Przerywniki filmowe W grze występują dwa rodzaje przerywników filmowych: sekwencje 3D generowane przez silnik gry oraz sekwencje 2D stylizowane na ilustracje komiksowe. W sekwencjach dwuwymiarowych często pojawiają się momenty interaktywne, od których zależy dalszy rozwój fabuły.
Scenariusz Akcja gry Metal Gear Solid: Peace Walker rozpoczyna się 4 listopada 1974 roku w Kostaryce i Nikaragui, gdzie Big Boss dowodzi własną jednostką wojskową. Na końcu gry Metal Gear Solid: Portable Ops Big Boss opuszcza finansowaną przez Stany Zjednoczone jednostkę FOXHOUND i kontynuuje swoją działalność na własną rękę. W tym czasie tajemnicza paramilitarna grupa o nazwie „Strażnicy Pokoju” wyposażona w zaawansowany sprzęt wojskowy pojawia się w Kostaryce.