W marcu 2018 został wybrany przez Sejm RP w skład Krajowej Rady Sądownictwa na czteroletnią kadencję, a w maju 2022 został wybrany na drugą kadencję. Rada, w której zasiada Nawacki, jest określana jako neo-KRS z powodu wadliwego trybu wyboru jej sędziowskich członków. Wyboru 15 sędziów dokonał Sejm VIII, a następnie IX kadencji, na podstawie nowelizacji ustawy o KRS z 8 grudnia 2017, która przeniosła kompetencję wyboru z samych sędziów na władzę ustawodawczą, łamiąc historyczną praktykę ustrojową oraz wiążącą wykładnię Trybunału Konstytucyjnego z 18 lipca 2007 (wyrok ten stanowi, że sędziów-członków KRS muszą wybierać sami sędziowie)Wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 lipca 2007 r. sygn. akt K 25/07 (). Nowelizacja z 2017, oparta została na kwestionowanym wyroku TK z 20 czerwca 2017, wydanym z udziałem dwóch tzw. sędziów-dublerów, który podważył linię orzeczniczą z 2007 i dopuścił wybór sędziów-członków KRS przez dowolny inny podmiot. Sąd Najwyższy orzekł w postanowieniu z 19 września 2018, że ze względu na udział osób nieuprawnionych w wydaniu wyroku z 2017 oraz brak zmiany Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, stan prawny wynikający wyroku TK z 2007 nie uległ zmianie i nadal obowiązuje zasada wyboru sędziów do KRS przez samych sędziów.