Pierwszą parafią, którą mu przydzielono, była St. Charles niedaleko Quebec. Pierwsze wrażenie, jaka wywarła na nim ta parafia było jak najbardziej pozytywne. Była dobrze zorganizowana, a dzień kapłani mieli spędzać zgodnie z zapisanym planem. Jednak szybko usłyszał o przypadkach łamania celibatu przez żyjących w tych stronach. współpracownikówCharles Chiniquy, „Pięćdziesiąt lat w Kościele Rzymskim”, Warszawa 2007, s. 117–120.. Szybko też dowiedział się, że większość księży w diecezji Quebec to niewierni i ateiści.
Te i kolejne przeżycia stopniowo sprawiały, że tracił zaufanie do Kościoła Rzymskokatolickiego tamtych czasów. W jednej parafii spotkał obłąkaną kobietę, której dziecko mieli zamordować księża, gdyż było poczęte po tym, jak jej spowiednik uwiódł ją.
W 1834 r. został tymczasowym proboszczem parafii Charlesbourg po zaledwie dziewięciu miesiącach służby kapłańskiej. Ostrzegano jednak, że za dużo młody Chiniquy spędza czasu na czytani Biblii, a za mało na czytaniu świętych ksiąg Kościoła. Jego poglądy oceniane jako zbyt protestanckie. Cała jego kariera kapłańska była naznaczona nawrotami takiej krytyki. mały|Ilustracja przedstawiająca „Wielki obiad księży” w jednym z pierwszych amerykańskich wydań „Fifty years in the Church of Rome”.