Podczas kampanii wrześniowej walczył w szeregach Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie”. Dostał się do niewoli niemieckiej, z której udało mu się zbiec. Brał udział w działaniach organizacji konspiracyjnych. Ciężko ranny 4 sierpnia 1944 podczas powstania warszawskiego, w którym wziął udział jako żołnierz zgrupowania „Chrobry II” (walczącego w Śródmieściu w ramach I Obwodu „Radwan”). Umieszczony w szpitalu powstańczym na ulicy Śliskiej 51, gdzie zmarł następnego dnia.
Chorąży Jan Stawarski spoczywa na Cmentarzu Powstańców Warszawy na Woli.
W dniu 1 lutego 1925 we włocławskim kościele pw. św. Jana st. sierż. Jan Stawarski zawarł związek małżeński z Marią DąbkowskąMaria Stawarska po wojnie znalazła się w Anglii, gdzie poślubiła oficera 2. Korpusu Polskiego, uczestnika walk pod Tobrukiem i Monte Cassino, porucznika 3. Dywizji Strzelców Karpackich - Eugeniusza Wołowicza (odznaczony 3-krotnie Krzyżem Walecznych). Spoczywa na londyńskim cmentarzu Gunnersbury (Kensington Cemetery), wraz z mężem (awansowanym na obczyźnie do rangi majora). (ur. 25 lutego 1905 we Włocławku, zm. 19 czerwca 1979 w Londynie), córką Karola (przemysłowca) i Czesławy z Sawickich. Jednym z ich świadków był sierżant 14 pp Feliks Moszkowicz.