Celem ustaszy było stworzenie etnicznie czystej Wielkiej Chorwacji poprzez wyeliminowanie wszystkich nie-Chorwatów, przy czym Serbowie byli ich głównym celem, a kolejnymi także Żydzi i Romowie. Jedna trzecia Serbów miała zostać zabita, jedna trzecia wydalona, a ostatnia jedna trzecia nawrócona na katolicyzm. Dokonywano masakr na ogromną skalę oraz utworzono sieć obozów koncentracyjnych, z których największym był Jasenovac, słynący z wysokiej śmiertelności wśród więźniów i barbarzyńskich praktyk strażników.
Reżim ustaszowski w ramach systematycznego ludobójstwa zamordował od 200 tys. do 500 tys. Serbów, przy czym większość historyków zgodziła się na zakres od 300 tys. do 350 tys. ofiar śmiertelnych, z czego co najmniej 52 tys. zginęło w Jasenovacu. 300 tys. Serbów zostało wydalonych z terytorium NDH, a co najmniej 200 tys. przymusowo nawróconych, z których większość wróciła do wyznania prawosławnego po zakończeniu wojny.