Po ostatecznym przejęciu władzy przez partię komunistyczną jako członek Rady Doradczej Armii uczestniczył w czystkach w armii, podpisując decyzję o zwolnieniach dowódców i oficerów, którzy byli później represjonowani.
W 1948 roku aresztowano jego syna Zdeněka, za przekazywanie dokumentów wojskowych do ambasady brytyjskiej i amerykańskiej, które to kopiował, gdy ojciec przynosił je do domu. Bohumil Boček został w dniu 31 lipca 1948 roku zwolniony z funkcji szefa Sztabu Generalnego. Zwolniony ze stanowiska pozostał w wojsku i nie przedstawiono mu zarzutów, choć był inwigilowany przez służby bezpieczeństwa. W dniu 1 października 1948 roku został mianowany komendantem Wyższej Szkoły Wojennej w Pradze, stanowisko to zajmował do 1 marca 1949 roku. Następnie został skierowany na urlop zdrowotny, a ostatecznie 1 stycznia 1950 roku został przeniesiony w stan spoczynku jako inwalida wojskowy.