1 listopada przekazano im kościół i budynek klasztorny. Pierwszym przełożonym w Prudniku został Jowita z Burgundii. Zgrzytem uroczystości było wystąpienie dwóch protestantów, którzy zażądali kluczy do kościoła, gdyż zgodnie ze zwyczajem miały być przez niego przeprowadzone zwłoki zmarłej kobiety – luteranki. Kapucyn Jowita sprzeciwił się temu, co było bezpośrednim powodem sporu z częścią mieszczan, którzy poskarżyli się Radzie Miejskiej. Wiosną przystąpiono do przebudowy całego założenia. 5 czerwca 1655 wykopano fundamenty. Stara kapliczka stała się prezbiterium nowego kościoła, który zystał nową, dużą nawę. Kłopot pojawił się z chwilą budowy krypty zakonnej, gdyż według reguły tylko kapucyni mogli być chowani wewnątrz kościoła. Zakonnicy musieli więc wykopać zwłoki pochowane na tej części cmentarza, na której rozbudowano kościół. Wywołało to oburzenie wśród mieszkańców miasta. Proboszcz nakazał grabarzom zakopanie zwłok w poprzednich miejscach, na co Jowita powiedział, że „nie ma mu nic do nakazywania”. Na cmentarz przyszły kobiety, które zwymyślały pracującym na nim robotnikom za bezczeszczenie zwłok. W odpowiedzi, robotnicy obrzucali je wapnem. Jowita uzyskał od króla polskiego Jana Kazimierza pisma przychylne kapucynom.