Zakonnicy zaczęli w tajemnicy wykopywać zwłoki po nocach, aby nie było świadków, i przenosili je w inne miejsce.

11 kwietnia 1656 przywieziono do Prudnika plany nowego klasztoru. Jeszcze w tym samym roku konsekrowano nowy kościół. W uroczystości uczestniczył m.in. mistrz zakonu krzyżackiego Jan Kasper von Ampringen. Główny ołtarz poświęcono Zwiastowaniu Najświętszej Maryi Panny, świętym Janowi Chrzcicielowi i Józefowi, a boczny św. Franciszkowi. W 1675 poświęcono ołtarz św. Antoniego Padewskiego. W 1681 gwardian zlecił budowę ołtarza dla podarowanego konwentowi obrazu Matki Boskiej Prudnickiej. Zabudowania klasztorne były na tyle obszerne, że ćwiczono tam kleryków (wybudowano dla nich ambonę w refektarzu). W konwencie znajdowała się również biblioteka zakonna oraz wytwórnia sukna, przeniesiona w 1764 z Wrocławia. 30 marca 1741 klasztor wizytował król Fryderyk II. 7 grudnia 1751 prudniccy kapucyni przejęli inspektorat nad pustelnią na Kaplicznej Górze. Klasztor ucierpiał podczas oblężenia Prudnika przez wojska austriackie 28 lutego 1779. Liczba zakonników zaczęła spadać;