w 1810 w klasztorze było 5 zakonników i 5 braci.
30 października 1810 król Fryderyk Wilhelm III podpisał edykt sekularyzacyjny. Pod koniec listopada radca wojenny Schüller odczytał prudnickim kapucynom treść edyktu, zgodnie z którym ich cały majątek miał się stać własnością króla Prus. Biblioteka kapucynów została wywieziona z Prudnika. Ołtarz św. Franciszka przekazano kościołowi św. Michała Archanioła w Szybowicach. Organy przeniesiono do kościoła Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Prudniku. W 1812 świątynia została przejęta przez ewangelików wraz z sąsiednim domem, gdzie mieścił się warsztat tkacki. W 1813 okupujący miasto Rosjanie urządzili w dawnym kościele kapucynów magazyn wojskowy. W tym samym roku klasztor z ogrodem „otoczonym wysokim murem” kupił mistrz tkacki Henryk Borkert. W 1866 dawny klasztor przejęły siostry szkolne, które urządziły w nim szkołę dla dziewcząt z pensjonatem. 12 marca 1869 w klasztorze zmarł Bonawentura Menzel, ostatni śląski kapucyn. mały|upright|lewo|Cyrylo-metodyjski krzyż na murze, który otaczał klasztorny ogród W wyniku kulturkampfu, w latach 70. XIX wieku prudnickie siostry były zmuszone zamknąć szkołę dla dziewcząt. Działkę z budynkiem poklasztornym przejął Hermann Fränkel, który rozebrał budowlę, stawiając w środku dawnego ogrodu willę.