Życie prywatne i śmierć 7 września 1895 w kościele kapucynów w Krakowie zawarł związek małżeński z Anielą Kordaszewską. Pod koniec życia pozostawał z żoną w separacji. Według późniejszych relacji prasowych odmawiał płacenia żonie alimentów, do czego został dopiero zobowiązany przez sąd. Jednocześnie uchodził za kobieciarza i z tego względu zyskał przydomek patentowanego Don Juana (jego podboje opisano w niemieckim dzienniku „Berliner Tageblatt”).
W piątek 4 czerwca 1909 do późnej nocy przebywał w mieście poza domem, a następnego dnia miał występować w sądzie jako obrońca redaktora odpowiedzialnego „Głosu Narodu”, Mariana Dąbrowskiego, w sprawie prasowej wytoczonej przeciw niemu. W nocy 4/5 czerwca 1909 został śmiertelnie postrzelony w głowę w sypialni swojego mieszkania przy ulicy Sławkowskiej 28. 5 czerwca 1909 nad ranem Janina Borowska zawiadomiła pogotowie do postrzelonego Lewickiego, który nie odzyskawszy przytomności o godz. 11 tego samego dnia zmarł w szpitalu św. Łazarza na oddziale prof. dr. Maksymiliana Rutkowskiego.
Pogrzeb Włodzimierza Lewickiego odbył się 8 czerwca 1909 w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera Kc).