Dopiero wraz z nadejściem w XVI wieku Imperium Mogołów (1526-1858), muzułmańskiej dynastii tureckiej z Azji Środkowej, powstało prawdziwe imperium, a także synteza między tradycjami muzułmańską i hinduską.
Chrześcijaństwo
mały|200x200px|Bazylika Matki Bożej Dobrego Zdrowia w Velankanni mały|200x200px|Kościół zielonoświątkowy w stanie Tamilnadu Według legendy chrześcijaństwo przyniósł do Indii na początku naszej ery Tomasz Apostoł, według badaczy przybyło ono wraz z napływową ludnością z Syrii, Jemenu i Persji. Potomkowie tych pierwszych indyjskich chrześcijan to tak zwani chrześcijanie św. Tomasza – liczna grupa mieszkająca na południu, głównie w Kerali.
Pierwsi misjonarze przybywali wraz z pierwszymi podróżnikami i pierwszymi kolonizatorami. Centrum chrystianizacji stała się kolonia portugalska – Goa, gdzie do dziś populacja chrześcijan – katolików jest bardzo liczna. W XVIII wieku zaczęli pojawiać się protestanci, wraz ze swymi faktoriami kupieckimi i misjami. Pierwszymi misjami protestanckimi kierowali głównie Duńczycy, Niemcy i Szwedzi.